Потому что капилляр частично передавлен непосредственно у баллона со ртутью. При остывании градусника столбик ртути в этом месте разрывается и его верхняя часть остается на месте. При встряхивании ртуть под действием центробежных сил продавливается обратно в баллон. Эти процессы можно даже пронаблюдать визуально.
Проще говоря, ртуть сама сжимается при остывании, и встряхивание тут ни при чем. В остывшем градуснике можно даже увидеть разрыв в ртутном столбике в том месте, где капилляр выходит из колбы. И хотя ртуть прилипает к стенкам капилляра - она вполне может стечь обратно в колбу. Но не стекает, потому что на стыке колбы и капилляра находится тоненький канал, и вот к его стенкам ртуть прилипает "намертво" - только встряхивание заставляет ее протекать в колбу.

Долгое время измерения — не менее 10 минут. Главный недостаток, который легко перечёркивает все достоинства ртутного термометра, — содержит опасную для здоровья ртуть (около 2 граммов и при этом легко разбивается. Именно по этой причине ртутный термометр для измерения температуры тела в некоторых странах запрещён. Запрет касается также комнатных термометров, барометров и приборов для измерения артериального давления. Данная мера позволяет существенно сократить количество токсичной ртути, попадающей с мусором в окружающую среду.