Так как силы тяготеия не действуют, и внури корабля есть атмосферное давление которое и запихнёт эту жидкость в шприц!

А вот в корабле есть атмосфера, а почему жидкость действительно закачается в шприц из-за образовавшегося там вакума.

Если на конец шприца вместо иголки одеть пробку /чтобы закрыть отверстие/, а затем вытягивать поршень, создавая под ним разряжение, то после отпускания поршня можно услышать резкий хлопок, и поршень втягивается. Это происходит вследствие действия на поршень наружного атмосферного давления.

Невесомость не отменяет принципы поведения жидкости в собщающихся сосудах и ты наберешь как и у себя дома.
В вакуме по видемому нельзя набрать жидкость в шприц! 
Поскольку вакум в шприце будет уравновешен вакумом снаружи, а значит сделав движение мы создадим внутри вакум, и туда необязательно пойдет вода.
Но, если в шприце появится вакум по содержанию молекул меньше чем окружающий то вода будет туда попадать пока давление газа в шприце не сравняется с внешним.