2 сосуда, из которых состоит термос, все же имеют точки соприкосновения (крепятся друг к другу). Поэтому через эти крепления тепло понемногу уходит из термоса, да и вакуум между сосудами не абсолютный и тоже вносит свою лепту в теплообмен.  

термос не может и меть КПД 100% поэтому потери энергии есть 

например термос не полностью герметичен